Fjorden er i dag delvis tørlagt. Oprindelig strakte den sig fra Isefjord næsten helt til Sejerø Bugt og dækkede inderlavningen øst for Odsherredbuerne. Fra 1873 til 1943 tørlagdes fjordens vestlige del, i alt 56 km², som et af de største danske afvandingsprojekter.

Vandet fra det omgivende land samles i en landvandskanal omkring det tørlagte område og ledes ud til Nekselø Bugt via Dragsholm Kanal og til den åbne del af Lammefjord ved Avdebodæmningen via Nordkanalen og Svinninge-Avdebokanalen. Afstrømningen fra den tørlagte fjordbund, 10-25 mio. m³ vand årlig, samles i de centrale afvandingskanaler, Skjolds Løb og Nordre Løb, og pumpes på Audebo Pumpestation mere end 7 m op. Kanaler og pumpeanlæg bestyres af ejerlavet Lammefjordens Dige- og Pumpelag.

Den frilagte, flade fjordbund har specielle og varierede jordbundsforhold, der fremtræder i flere zoner. Nogle er præget af gamle stranddannelser med sand, ler og sten i niveauer mellem 0 og −3 m, og andre er domineret af frugtbare dyndjorde mellem −2 m og −5 m. Strandzonen er særlig bred i den sydlige del; her ligger mange gårde, der fra 1870'erne flyttede ud på de udloddede, 11 ha store parceller.